堆肥在中国的历史，应该有几千年。从百度上可以搜索到：《沈氏农书》记载：羊圈垫以柴草，“养胡羊十一只，……垫柴四千斤”；“养山羊四只，……垫草一千斤”。猪圈垫以秸秆，“养猪六口，……垫窝草一千八百斤”。“磨路”，其实就是以碎草和土为垫圈材料，经牛踩踏后与粪尿充分混合而成的一种厩肥。不过，踏粪不仅仅是踏以牛足，而且往往还要经过堆制使其充分腐熟，“其制粪亦有多术，有踏粪法。……南方农家凡养牛羊豕属，每日出灰于栏中，使之践踏。有烂草腐柴，皆拾而投之足下，粪多而栏满则出而叠成堆矣”。写成书、描述得如此清楚，这在400年前中国农村就已经做到了，因此，说中国农民采用堆制方法生产有机肥有上千年的历史，毫不夸张。

关于堆肥的原理，百度上说：“主要利用多种微生物的作用，将植物有机残体，进行矿质化、腐殖化和无害化，使各种复杂的有机态的养分，转化为可溶性养分和腐殖质，同时利用堆积时所产生的高温（60—70℃）来杀死原材料中所带来的病菌、虫卵和杂草种子，达到无害化的目的。为了获得优质堆肥，在堆制过程中，千方百计地为微生物的生命活动创造良好的条件，是加快堆肥腐熟和提高肥效的关键”。以上这些描述是《沈氏农书》400年后人们的基本理解和认识，而在堆肥现在的实际运用中，至今广大的农村还是采用自然堆制的方法，听任里面的不知名的微生物自然发酵。可以说堆肥还没有形成一套成熟的理论，还没有得到正确的应用。